O Mestrado Profissional em Formação em Ciências para Professores - PROFICIÊNCIAS - tem como objetivo formar mestres, professores de Biologia, Física e Química, capacitados para o ensino contemporâneo e qualificados para a cidadania através da promoção da sua visão sobre as ciências e da incorporação em suas práticas das premissas básicas do método científico; da promoção de uma formação teórico-prática complementar, onde o professor-aluno tenha acesso a conceitos novos e atualizados nas três áreas das Ciências da Natureza; da promoção do desenvolvimento e do acompanhamento de atividades em ensino de Ciências em temas atuais da Biologia, Física e Química que os habilitem para uma melhor compreensão dos diferentes conteúdos e da promoção do desenvolvimento e da avaliação de métodos, práticas e materiais didáticos no ensino de Biologia, Física e Química de níveis fundamental e médio."
Como resultado, a missão do curso é  “Promover a formação continuada e a melhoria das práticas pedagógicas de professores das áreas de ciências naturais, através da atualização conceitual de temas científicos e do desenvolvimento do pensamento crítico sobre e para uma educação integradora e inclusiva